《清史编年》与已有的编年清史相比，没有清代官书的虚美隐恶，也摒除了历代史家对少数民族入主中国的偏见，体现了实事求是的精神。这些都是好的。
不过，亦似有瑕玷可摘，如乙酉十二月十三日记“江宁巡抚土国宝奏报，‘逆绅吴日生、荆本彻出没太湖倡乱’经‘分兵追剿，首逆相继败亡”。此条据《清实录》，但实录所记为接到奏报的日期，而非事情发生的日期。吴日生溃于太湖是在当年八月，似应按发生年月系事。此外，吴日生第二年正月复起于太湖，六月事败被浙江总督张存仁杀害于杭州草桥门；荆本彻逃往舟山后于丙戌五月为舟山守将黄斌卿所杀，因《编年》于此二事未有记载，容易使人误认“败亡”之亡为“死亡”。
又，吴日生丙戌正月再起于太湖，曾重创清军，坚持斗争半年有余，不唯是江南地区重要的抗清力量，也有力地牵制了清军，支援了浙东鲁王政权，对于这样较重要的事件似乎不应失记。
此外，《编年》一书在考订上也偶有失误之处，如丁亥四月十五日记，因吴胜兆反正事件，株连三吴名士甚广，“……杨廷枢，……陈子龙，推官顾咸正及诸生顾天逵、顾天遴、夏之旭、夏完淳、侯歧曾、徐尔谷、钱旃、殷之辂等数十人，先后被处斩。”其实，诸人并非都是因吴案牵连而死的。陈子龙确因吴案被逮，乘间投水而死；杨廷枢也因学生戴之
为吴胜兆谋主被杀于卢墟；侯歧曾、顾天逵、顾天遴兄弟因藏匿陈子龙死于松江，夏之旭亦因匿陈子龙自溢于孔庙颜渊位旁，徐尔谷、钱旃、殷之辂亦因吴案死于江宁(南京)。其中顾咸正、夏完淳并非死于吴案，而因“海舶书邮”事死于江宁。所谓“海舶书邮”据第一历史档案馆所藏顺治四年八月刑部尚书吴达海题本及《明清史料》已编第一本洪承畴题本所记：指的是丁亥年三月顾咸正，侯玄瀞、夏完淳等人密具奏疏、禀帖联接舟山黄斌卿，通问鲁监国；以及黄斌卿派钦浩、吴鸿在苏松湖泖联结志士之事。此事与吴胜兆反正一案有密切联系，但又毕竟是两件事，不能不加以区别。此外，钱旃崇祯六年举顺天乡试，身份已是举人而不再是诸生。
《编年》一书于夏完淳后加注，特予揭出以示表彰，注云：夏完淳，字存古，夏允彝子，七岁能诗文，才藻横溢，江左罕俪，十三岁著《庾信大哀赋》。鲁王监国授中书舍人，死时年仅十八岁。此注系据王鸿绪《明史稿夏允彝传》所附之夏完淳事撮录而成，其中“著《庾信大哀赋》”可能是笔误或误排，应为“拟庾信作《大哀赋》”。是说完淳仿效北朝诗人庾信的《哀江南赋》作《大哀赋》。另外，这一则记载中史料有两处错误：一，完淳著《大哀赋》不是十三岁而是十六岁，《大哀赋》中有“弱冠则海筹十六”之句，又谈及丙戌吴日生太湖之溃，可证此赋作于丙戌六月之后，完淳时年十六(虚岁)。关于完淳就义时年龄，侯玄涵《夏允彝传》、王沄《辋川诗抄》卷二《南哀》、高宇泰《雪交亭正气录》卷四、高承埏《崇祯忠节录》卷四、莫秉清《傍秋庵文集》卷二都明确记载完淳卒年十七岁。这些作者或为完淳姻亲(侯玄涵)；或为完淳同门师友(王沄)；或为同里(莫秉清)，或为同时(高宇泰、高承埏)，所记应当可信。近代以来的研究者，诸如郭沫若、柳亚子、汪国坦、白坚、刘太丰、张习孔、林永匡等均从此说，可说已成定论，作者未能参考，而独采(明史稿》，不能不说是去取失宜。